La organización religiosa Christian Solidarity Worldwide (CSW) ha documentado un aumento dramático en violaciones de la libertad de religión o de creencias en Cuba en el año 2012, según un reporte de Independent Catholic News. CSW hizo ya un pedido al gobernante cubano, Raúl Castro, para que se mejoren las defensas de la libertad religiosa en este nuevo 2013, tras registrar un aumento espectacular de violaciones en todo el país, pues las autoridades tomaron medidas enérgicas contra las organizaciones religiosas y las personas.
Líderes de la Iglesia en diferentes partes del país informaron de violaciones en las últimas semanas del año. Una iglesia protestante no registrada afiliado al Movimiento Apostólico de Camagüey fue amenazado de demolición el día 29 de diciembre. Al día siguiente, nueve mujeres afiliadas a las Damas de Blanco en Holguín movimiento fueron detenidos en las primeras horas de la mañana y se mantiene en prisión hasta la misa del domingo por la mañana había terminado.
El informe de CSW presenta 120 casos reportados de violaciones a la libertad religiosa en 2012, frente a un total de 30 en 2011, donde están involucradas denominaciones enteras y cientos de personas. La cifra no incluye a los hombres y mujeres que fueron arrestados y encarcelados por la duración de la visita del Papa Benedicto XVI en marzo, que los grupos locales de derechos humanos calculan en más de 200.
Mientras que las iglesias católicas registraron el mayor número de violaciónes, en su mayoría relacionadas con arrestos y detenciones arbitrarias de los feligreses que intentaban asistir a las actividades en las iglesias, igualmente denominaciones protestantes y grupos religiosos también se vieron afectados. Iglesias Bautistas, Metodistas, Pentecostales en diferentes partes del país, informaron del acoso constante y la presión de los agentes de seguridad del Estado -la policia politica.
Además, los funcionarios del gobierno continuaro negándose a permitir la inscripcion legal de nuevas organizaciones relgiosas, entre ellos la de la red protestante de rápido crecimiento del "Movimiento Apostólico" -amenazandoles con el cierre de sus iglesias afiliadas-, y de ordenar el cierre de una iglesia mormona en La Habana, a la que se le niega el reconocimiento oficial.
Uno de las violaciones de derechos civiles y religioso más graves tuvo lugar tras la violenta golpiza de la que fuera objeto el pastor pentecostal Reutilio Columbié, en Moa, a principios de año a manos de agentes represivos del regimen. El Pastor Columbié sufrió daño cerebral permanente a causa de los golpes que sufriera, agresion de la que afirma fuese una accion orquestada por funcionarios locales del Partido Comunista. Hasta la fecha, ninguna investigación sobre la golpiza se ha llevado a cabo.
Hubo algunas mejoras en el ejercicio de la libertad religiosa en las cárceles cubanas, sin embargo, incluso éstas se vieron afectadas por la interferencia del gobierno. Varios miembros del clero protestante, nombrados por sus respectivas denominaciones para llevar a cabo el ministerio de prisión, se les negó arbitrariamente el permiso para unirse a los equipos de prisiones del ministerio. Además, en la Prisión Provincial de la Juventud en Santa Clara sólo a catorce prisioneros se les permitían participar en los servicios de la Navidad. Cuarenta presos, todos los cristianos practicantes, había pedido permiso para hacerlo.
